Secara khusus, perlindungan hak asasi manusia oleh negara merupakan pelaksanaan dari konsep negara hukum (rule of law atau rechtstaat) yang diatur dalam Pasal 1 ayat (3) UUD 1945. Hal ini diatur pula secara khusus dalam konstitusi Indonesia melalui Pasal 28I ayat (4) UUD 1945 yang mengatur bahwa “Perlindungan, pemajuan, penegakan, dan pemenuhan hak asasi manusia adalah tanggung jawab negara, terutama pemerintah”. Pengaturan ini sejalan dengan prinsip dasar terkait hak asasi manusia yang berlaku secara universal yang menempatkan negara sebagai pemegang kewajiban (duty bearer) dalam penegakan prinsip-prinsip HAM. Oleh karena itu, setiap cabang kekuasaan negara wajib melaksanakan perlindungan, pemajuan, penegakan, dan pemenuhan hak asasi manusia dalam pelaksanaan tugasnya;

Salah satu bentuk lain dari pelaksanaan konsep negara hukum (rule of law atau rechtstaat) adalah adanya pembagian kekuasaan (separation of power) ke dalam 3 (tiga) cabang kekuasaan negara, yaitu eksekutif, legislatif, dan yudisial. Hal ini menunjukkan bahwa pengadilan merupakan bagian dari negara itu sendiri sebagai cabang kekuasaan yudisial. Oleh karena itu, mengacu pada Pasal 1 ayat (3) dan Pasal 28I ayat (4) UUD 1945, dapat disimpulkan bahwa konstitusi Indonesia sudah menghendaki pengadilan sebagai salah satu pihak yang harus turut andil dan bertanggung jawab dalam perlindungan, pemajuan, penegakan, dan pemenuhan hak asasi manusia;

Penegakan prinsip HAM oleh pengadilan juga sudah diatur dalam peraturan khusus mengenai pengadilan sebagai cabang kekuasaan kehakiman. Pasal 4 ayat (1) UU No. 48 Tahun 2009 tentang Kekuasaan Kehakiman sudah menegaskan bahwa “Pengadilan mengadili menurut hukum dengan tidak membeda-bedakan orang”. Kewajiban pengadilan untuk mengadili perkara menurut hukum ini juga sudah diakui secara universal dalam Basic Principles on the Independence of the Judiciary (1985) dan The Bangalore Principles of Judicial Conduct (2002). Dengan demikian, karena prinsip-prinsip HAM sudah menjadi bagian dari hukum nasional Indonesia, maka sudah sepatutnya pengadilan mengadili setiap perkara dengan mengacu pada prinsip-prinsip HAM tersebut;

Secara konsep, pengadilan memiliki peran penting sebagai penyeimbang dan pembatas dari fungsi lembaga Eksekutif dan Legislatif. Pengadilan memiliki fungsi kontrol dengan menilai dan mengawasi pelaksanaan kewenangan eksekutif berdasarkan peraturan perundang-undangan yang dibentuk oleh legislatif agar tidak melanggar hak asasi warga negara melalui proses peradilan. Hal ini sejalan dengan pandangan Bagir Manan yang menjelaskan bahwa kekuasaan kehakiman yang merdeka adalah instrumen untuk mengawasi dan melindungi kebebasan individu dari kesewenang-wenangan negara. Lebih dari itu, David Cohen menyatakan bahwa pengadilan merupakan “benteng pertahanan terakhir” dalam penegakan prinsip-prinsip HAM warga negara dalam proses peradilan;

Panduan ini ditujukan kepada pengadilan dan para hakimnya dengan menjabarkan langkah-langkah yang perlu dilakukan pengadilan dan para hakimnya dalam menerapkan prinsip-prinsip HAM dalam pelaksanaan tugasnya agar dapat melaksanakan fungsi kontrol terhadap pelaksanaan kewenangan negara dan melindungi hak asasi warga negara secara maksimal;