Sudah hampir satu bulan isu mengenai transparansi di tubuh Mahkamah Agung berkembang. Isu ini dimulai dengan adanya pernyataan dari salah satu Hakim Agung, Gayus Lumbuun, yang mengungkapkan adanya diskriminasi antara hakim agung dengan Pegawai Negeri Sipil (PNS) Mahkamah Agung. Hakim Gayus menyatakan bahwa PNS di Mahkamah Agung khususnya Pejabat Eselon I lebih diperhatikan daripada hakim agung. Isu diskriminasi ini pun berlanjut kepada isu transparansi keuangan Mahkamah Agung. Gayus mengatakan bahwa keuangan Mahkamah Agung tidak transparan. Isu ini ditanggapi keras oleh beberapa pejabat Mahkamah Agung, diantaranya yakni Ketua Muda Pidana Khusus yang juga merangkap sebagai juru bicara Mahkamah Agung, Djoko Sarwoko dan Sekretaris Mahkamah Agung, Nurhadi.
Isu ini menyeruak hingga mendapatkan perhatian dari publik. Dewan Perwakilan Rakyat (DPR) dan Komisi Yudisial angkat bicara. Beberapa anggota DPR sepakat dibutuhkan transparansi di Mahkamah Agung. Mahkamah Agung dinilai sebagai salah satu lembaga negara yang sampai saat ini belum transparan, baik dari segi keuangan maupun dari segi putusan. Masalah transparansi keuangan ini dinilai bisa menjadi anggapan buruk bagi masyarakat terhadap Mahkamah Agung yang kemudian akan berakibat pada berkurangnya rasa kepercayaan kepada peradilan khususnya Mahkamah Agung.